Non si conosce con esattezza il tempo di fondazione della chiesa. Sappiamo però che già esisteva al tempo di S. Carlo. Infatti nei decreti della visita pastorale che S. Carlo fece a Mariano nel 1570 si parla della chiesa di S. Rocco e se ne fa anche una breve descrizione, tra l’altro si dice che aveva un piccolo campanile con una campana e sulla facciata una piccola finestra rotonda. 
Nel 1788 la R. Intendenza Politica di Milano decretava la soppressione della chiesa di S. Rocco per insediarvi la Scuola Normale, in quel periodo la chiesa era tenuta dai Francescani Conventuali.
Al tempo della rivoluzione francese e del dominio Napoleonico nelle nostre terre il santuario, messo al pubblico incanto, veniva acquistato da Francesco e Luigi Villa, che lo ridussero a casa d’abitazione. Successivamente il 16 luglio 1825 si stipulava un pubblico contratto in cui gli eredi dei Sigg. Villa vendevano al prevosto Don Carlo Romanò l'edificio. 
Il 1919 segnava un avvenimento straordinario per il santuario: l’incoronazione della Madonna.
Nel 1928, il pittore Primo Busnelli che aveva pitturato e decorato il santuario già nel 1902, rinnovava tutto l’interno. 
Nel 1955 veniva rifatto l’interno del santuario e rimesso a nuovo l’altare. Nel mese di luglio del 1967 iniziavano i lavori per un nuovo pavimento. Nel 1981 il santuario vede il rifacimento totale del tetto.